高一不参加军训扣学分不影响高考，但对综合素质评价和毕业证书有影响，新高考录取参考综合素质评价，军训是高中生的必修课，必须参加军事训练才能获得相应学分，综合素质评价还包括军事训练相关内容，如果被扣除积分，则必须偿还，以免影响高考录取。
高中新生不参加军训有什么影响
高中新生不进行军训的后果是，如果学校严格的话，就会影响学分，学分制是指高中三年学习中没有修完规定的学分，将不会获得文凭。不过大部分学校对于这方面的要求并不是很严格。
建议高一开始就参加军训，不然正式开学后，你将面对一个完全不为所动的老师、同学们会显得很尴尬，而且很容易被同学拒绝。
高中军训有哪些注意事项
1、饮食：军训前，不要吃太多大鱼。生鱼火肉生痰，内热与外感相遇，军训时容易感冒发烧。此外，军训开始前两周注意逐步调整作息节奏（早睡早起）、中午午休时间，与军事训练计划一致），别太累，不要整天待在空调环境中。不妨通过适度的运动（游泳、跑步、骑自行车、锻炼等），迎接军事训练的考验。
2、个人卫生：军训前，男生适合短发吗，不然军训的时候太热了。女生把头发扎起来。
3、防暑、防蚊、消炎药：必备物品是蚊虫叮咬，用马桶水，还有一些防暑药，白花油，具有驱蚊、止痒、提神作用。准备红霉素等消炎药，被汗水浸湿的皮肤非常脆弱，很容易破裂。
4、其他：准备一些茶，创可贴，和一袋针线，高中军训期间坎坷坎坷在所难免，万一刮伤，衣服破烂等等，这些会派上用场的。