上海海关学院设有海关与公共管理学院、海关与公共经济学院、工商管理与海关学院、海关法司、海关外文司、公共教育系、马克思主义学院、检验检疫技术交流部等部门，以下为具体榜单，以供参考，可调整的，以学校最新公布为准。
1个、学院
海关与公共管理学院
海关与公共经济学院
工商管理与海关学院
海关法司
海关外文司
公共教育系
马克思主义学院
检验检疫技术交流部
2个、上海海关学院简介
上海海关学院（Shanghai Customs College）是经教育部批准设立的一所全日制普通高等学校，具有高等教育招生资格，中华人民共和国海关总署直属，为“服务国家特殊需求人才培养工程”——学士学位授予单位开展硕士研究生培养工作试点单位。首批列入上海市高校一流本科建设先导计划之一、上海市高等教育一流研究生教育先导计划。
中国海关高等教育始于1908年清政府在北京设立税学堂（后改称税学堂），并移居上海），学校是世界上最早从事海关高等专业教育的学校之一；上海海关学院前身为创建于1953年的上海海关学校；1980年国务院批准，升格为上海海关学院；1996年更名为上海海关学院。2007 年 3 月，教育部批准在上海海关学院基础上组建上海海关学院。